اظهارنظر در مورد اسرائیل
او در اظهارنظری مردم اسرائیل را دوست خواند و با این اظهاراتش موجب برانگیختهشدن خشم بسیاری از کسانی شد که اسرائیل را دشمن خود میدانستند.در پی این ماجرا ۲۰۰ تن از نمایندگان مجلس شورای اسلامی، با امضای بیانیهای خواستار برخورد جدی با وی شدند.پس از انتشار این بیانیه، وی در ۲۴ مرداد ۱۳۸۷ طیّ نامهای به حداد عادل، رئیس کمیسیون فرهنگی مجلس شورای اسلامی واژهٔ اسرائیل در جهان امروز را منفورترین واژهای دانست که مترادف نژادپرستی، خیانت، خشونت، مکر و فریب است.
وی با تکرار ادّعاهای خود با شدّت بیشتر در مرداد ۱۳۸۷، موجی از اعتراضات را علیه خود و دولت برانگیخت. بلافاصله پس از این ماجرا تجمّع دانشجویان روبهروی سازمان میراث فرهنگی برگزار گردید. حاشیهها در مورد اظهارات وی تا جایی بالا گرفت که سید علی خامنهای، در خطبههای نماز جمعه سخنان وی را کاملاً اشتباه دانسته و خواستار پایانبخشی به این حواشی که در موارد زیادی با استناد به آن دولت تخریب میگشت، شد. این در حالی است که محمود احمدینژاد از سخنان مشایی دفاع کرده بود. پس از آن نمایندگان مجلس که به دنبال سئوال از رئیس جمهور در مجلس بودند، آن را از دستور کار مجلس خارج کردند. وی برای بیان توضیحات در مورد سخنانی که گفتهاست به کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس شورای اسلامی ایران دعوت شد.
به زودی سرنوشت مشایی مشخص خواهد شد.